四、辅助性原则的适用程序
辅助性原则在适用程序方面的规定贯穿了《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第4条、第9条、第10条、第11条、第12条和第13条。辅助性原则的程序性要求不但为共同体，也为成员国施加了一系列程序性义务，尤其是在有关行动动机说明和宣传工作方面。这些程序性要求涉及欧盟委员会、欧盟（首脑）理事会、欧洲议会、部长理事会，以及其他欧盟机构和成员国。
（一）适用于委员会的程序规则
《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第9条规定：委员会应在不影响其提案权的情况下采取以下行动：
——（1）除在特别紧急和特别应当保密的情况下，委员会应在提出立法提案之前进行广泛的咨询，在适当的情况下，有关咨询资料应予以公开。
——（2）委员会应对其每一次立法提案同辅助原则的内在联系进行合理性论证。必要时，提案中所附的理由说明应包括此项合理性的具体内容。根据共同体预算要求，凡全部或部分需要共同体财政支持的共同体行动均应提出解释性说明。
——（3）应对必要性有充分考虑，以便使一切由共同体、成员国政府、地方当局、公民和经济活动者承担的财政或行政费用，在保证实现目标的前提下尽可能地得以缩减。
——（4）向欧盟（首脑）理事会、欧洲议会和理事会提交关于条约第5条实施情况的年度报告，此项年度报告应同时送交地区委员会和经济社会委员会。
该条实际上为委员会设定了四项基本义务：咨询（consultation）、推进（motivation）、信息（information）和发布（publication）。（注：See Antonio Estella,The EU Principle of Subsidiarity and its Critique,Oxford,Oxford University Press,2002,p.115.）
在咨询义务中，除了特别紧急或机密的情形，委员会在提出立法动议前应进行广泛的协商，并在适当的时候公开协商文件，但在这里并没有界定什么是紧急或者机密的情形（注：经《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第2条取消了“特别应当保密的情况”，仅保留“在特别紧急的情况下，委员会不进行此类咨询”。），对于协商的主体也没有进一步给出更为具体的细则，因此，委员会在实践中可以操控这种咨询结果，可以只关注那些支持提案的公共或者私人利益，从而得出有利于共同体的结果。经《里斯本条约》修订后的议定书也只是要求“此等咨询应考虑到所拟议行动的地区性和地方性维度”（注：经《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第2条。），而对何谓“地区性和地方性维度”没有进一步说明。
对于推进义务，《里斯本条约》修订后的议定书做了相对较大的变动，议定书第5条规定，“应有充分理由证明立法性法令草案符合辅助性原则与比例性原则。任何立法性法令草案均应包含一项详细说明，以便有可能对该法令是否遵守了辅助性原则与比例性原则进行评估。该说明应包括对相关提议的财政影响的某种评估。此外，如相关提议涉及的是指令，则该说明应包括该提议对将由成员国实施的规则所产生的影响，在必要的情况下还应包括对地区性立法的影响。如得出的结论是联盟目标能够在联盟层面得到更好的实现，则其理由应由定性指标加以证实，而且在可能的情况下，也要由量化指标加以证实。立法性法令草案应考虑到，须将此类法令给联盟、成员国政府、地区或地方机构、经济从业者以及公民造成的任何财政负担或行政负担降到最低限度，而且此类负担应与将要实现的目标相称”。在这里更加明确了对于“指令”这一立法性文件的特别要求，对这种既具有相对灵活性又具有较强约束力的立法对于成员国所产生的影响要求特别说明，并且在得出结论认为由共同体层面进行立法更好时必须进行定性和定量两方面的说明。但是，这种规定在实践中仍然是缺乏操作性的，还有待委员会、理事会以及欧洲议会进一步进行细则性的规定。
对于信息义务，议定书要求委员会必须对辅助性原则的实施情况进行年度报告（注：欧盟委员会的年度报告可在委员会的网站上查看，见http://ec.europa.eu/prelex/liste_resultats.cfm?CL=en，但缺少1995年~1999年年度报告。1995年~1999年报告为CSE（95）580final of 22November 1995;CSE （96）7final of 27November 1996;COM （97）626final of 6November 1997;COM （98）345final of 27May 1998以及COM （98）715final of 1December 1998;COM （99）562final of 3November 1999。），报告的对象是欧盟（首脑）理事会、欧洲议会、部长理事会、地区委员会和经济社会委员会。尽管欧洲议会认为这种报告仅仅是一种不必要的形式负担，且会影响机构间平衡的原则（注：See Antonio Estella,The EU Principle of Subsidiarity and its Critique,Oxford,Oxford University Press,2002,p.117.），但自《马斯特里赫特条约》生效以来，这已经成为一种实践。议定书第9条对于报告的内容并没有作出具体规定，实践中的情况是，委员会报告大致包括以下几个部分：首先是委员会立法性提案的数量，以及与前一年的数量比较；其次是委员会当年由于适用辅助性原则的原因而撤销的立法数量；再次是委员会建议因与辅助性原则相违背而应废除的立法性法案。而对于这份报告的意义和价值，《阿姆斯特丹条约》后的议定书第10条规定，“欧盟（首脑）理事会在根据《欧洲联盟条约》D条的规定向欧洲议会提出关于联盟发展的年度报告时，应重视本条第9款第（4）项所指的委员会年度报告的内容”，这一规定在《里斯本条约》后的议定书中被取消，使得原本就已经非常形式化的报告更仅具形式意义。
发布义务在第9条第1项中也可以找到，即“有关咨询资料应予以公开”。事实上，这种咨询并发布咨询结果的实践从共同体之初就存在，委员会传统上使用“白皮书”和“绿皮书”来发布咨询情况。（注：如有关透明度问题的绿皮书：GREEN PAPER:Public Access to Documents held by institutions of the European Community:A review，见http://ec.europa.eu/transparency/revision/docs/gp_en.pdf，根据绿皮书的时间进度表和最终收集的反馈信息，委员会具体提出对于第1049/2001号规则的修订提案，《欧洲议会与理事会关于公众知悉欧洲议会、理事会和委员会文件的规则的提案》（Proposal for a Regulation of the European Parliament and of the Council regarding Public Access to European Parliament,Council and Commission Documents），见http://ec.europa.eu/transparency/index_en.htm，2011—08—09。）委员会对于主要动议都会发布“路线图”（roadmap）（注：可以通过委员会的IA（Impact Assessment）网站获取路线图，见http://ec.europa.eu/governance/impact/index_en.htm，2011—08—09。），说明委员会的意图，包括对辅助性原则及比例性原则的动议理由，这些意见在随后的咨询过程以及影响评估（impact assessment,IA）过程中会被修订。尽管这项义务更具操作性，但是，委员会在其内部规则中创建了所谓“跨服咨询”（interservice consultation）（注：Rules of procedure of the Commission of 18September 1999,OJ L 252/41,见http://eurlex.europa.eu/LexUriServ/LexUriServ.do?uri=OJ:L:1999:252:0041:0046:EN:PDF，2011—08—09。），即委员会于决定提出一项特殊法案之前的不公开咨询。议定书第9条对于这种事前咨询并未涉及，也没有要求委员会公开其对辅助性原则的适用细节予以说明的解释性备忘录（explanatory memorandum），这些都是议定书的疏漏之处。
（二）适用于欧洲议会和理事会的程序规则
议定书第11条规定，“欧洲议会和理事会应在完全遵守适用程序的情况下对委员会立法提案是否与条约第5条的规定相一致进行审查，此项审查是关于委员会提案总审议程序的组成部分，其审查内容既涉及委员会的最初提案，也涉及欧洲议会和理事会拟议提出的对委员会提案的修改部分”。
由以上规定可见，对于委员会提案的辅助性原则的审查要从措施的整体出发，即对辅助性原则的审查并不能优先于对其他问题的审查。在《马斯特里赫特条约》时，一些成员国就提出应对辅助性原则进行单独审查，但并未获得通过（注：See Antonio Estella,The EU Principle of Subsidiarity and its Critique,Oxford,Oxford University Press,2002,p.120.），从议定书的用词上看，也不能看出这样的意图。而《里斯本条约》修订后的议定书，则更加关注各国议会在对议案审查过程中的作用，弱化了欧洲议会和理事会的审查作用，要求理事会和欧洲议会应重点考虑大多数成员国议会共同表述的理由，并进一步规定“如果经由理事会成员的55%多数或者欧洲议会表决票的多数，立法机构认为提案与辅助性原则不符，则不应再对该提案作进一步考虑”（注：《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第7条第3（2）款。）。该规定尽管只要求多数同意即可，但相对于比较含糊的规定而言，其更具备操作性和具体性，向委员会施加了一定的压力。
在《里斯本条约》修订后的议定书中主要增加了理事会和欧洲议会的中间人地位。首先是将立法性法令草案提交给各成员国议会，“欧洲议会应将其提议的立法性法令草案以及修订后的草案送交成员国议会”，“理事会应将由若干成员国、欧洲法院、欧洲中央银行或欧洲投资银行提议的立法性法令草案以及修订后的草案转交成员国议会”（注：《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第4条。）。其次是在成员国议会提出意见后予以反馈，“如立法性法令草案是由若干成员国提议的，则理事会主席应将相关意见转送这些成员国的政府”，“如立法性法令草案是由欧洲法院、欧洲中央银行或欧洲投资银行提议的，则理事会主席应将相关意见转送此类相关机构或团体”（注：《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第6条）。最后，“欧洲议会应在其立法性决议通过之后、理事会应在其立场通过之后，将此类文件送交成员国议会”（注：《里斯本条约》修订后的《关于适用辅助性原则和比例性原则的议定书》第4条。）。新的议定书取消了原议定书中第12条有关理事会应将其立场通知欧洲议会的规定，更加平衡了机构间的关系，并增强了欧洲议会的独立性。
（三）各成员国及其他相关机构的程序规则
《里斯本条约》议定书最为显著的修订就是关于各成员国议会作用的加强，这一部分将在本书后面的章节中予以详细分析。
其他相关机构包括与委员会一样作为立法性法令草案提出主体的若干成员国小组、欧洲议会（此处是提案主体）、欧洲法院、欧洲中央银行以及欧洲投资银行，它们作为提案主体应与委员会一样遵守相关规则。