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“祸起萧墙”
一种主流的“地心说”理论认为，火山爆发产生的巨大冲击将数十亿吨的火山灰炸得漫天都是。如果爆发持续了很长时间，火山灰就可能会遮挡了植物生长所需要的大部分阳光。失去了陆地上的植物和海洋里的海藻，大部分动物都会很快灭亡。人们曾在西伯利亚发现大型火山曾爆发的迹象。另一种可能是，晚二叠世末的海平线下降，大量近海岸的浅滩消失，使得大量海洋生命失去了赖以生存的家园。因为盘古大陆的海岸线相对较短，这迅速缩减了珊瑚和其他无脊椎动物的栖息地。但这一理论无法解释动物生命的大量毁灭，所以海平线下降可能只是大灭绝中的一个附加因素，而不是主要原因。
一些科学家相信，是一个独立大陆——盘古大陆——的生成引发了二叠纪末期毁灭生命的环境巨变。
很多科学家认为第四个推测——气候变迁——可能是致命的一击。有证据显示，在临近二叠纪末尾的时候，气候变暖又突然转冷，使得陆地动物和海洋动物的处境变得非常艰难。再加上海平面下降和火山爆发，结果可能就出现了化石记录中的那场生命浩劫。
三叶虫历经2.6亿年，从两次大灭绝中死里逃生，最终还是灭绝了。
火山爆发后放出的气体可能带有大量的热量，使得温度螺旋上升。