后处理是对饮用水进行质量控制的最后步骤，包括以下内容。
① pH调节。脱盐处理之后，产水是酸性的，可通过除碳器去除CO2，或中和至适合饮用（20mg/L NaOH）。
② 消毒，确保余氯＞0.5mg/L。尽管大部分可致病的微生物已经被RO脱盐时去除，但产水存留在配水管线中增加了被污染和滋生细菌的风险。为使成本最小，通常通过加入漂白粉、NaClO、液氯等进行消毒。
③ 配置对清洗废水进行中和及生化处理以便达标排放的设施。
